近期，很多客户在蛋白质组学文章投稿时遇到下面的问题，编辑要求将原始数据上传到公共数据库。

那么问题来了：

公共数据库是哪个数据库？

该怎么上传数据？

上传哪些数据呢？

下面，就由小编来给大家一一解答。

◆ 公共数据库有哪些？

目前主流的上传蛋白质组学数据的公共数据库有两种：ProteomeXchange和iProX。

ProteomeXchange(简称PX) 网站是目前比较主流的上传蛋白组学质谱数据的存储平台（http://www.proteomexchange.org），旗下包括有PRIDE Archive, MassIVE, PeptideAtlas, and jPOST等子平台。

iProX 是国内的上传蛋白质组学质谱数据的存储平台，是在ProteomeXchange协会制定的数据共享指导方针的指导下建立的，包括数据上传系统和蛋白质组数据库。用户可以将自己的蛋白质组数据以公开或私密方式上传。另外，由于iProX的服务器在国内，所以数据上传的速度相对较快，且不需要下载和安装软件。国内研究者亦可以选择该平台进行数据提交。

此次，就由小编给大家介绍一下iProX上传蛋白组学数据的方法步骤吧。

◆ 蛋白质组数据如何上传？

步骤一：注册账号和登录

进入iProX官网：

https://www.iprox.cn/page/HMV006.html，点击右上角Register。按照四步注册要求，填写用户名、密码、邮箱、姓名、单位等信息。

注册完成后，系统会给您注册时登记的邮箱发送确认邮件，进入您的邮件点击链接激活账号即可。激活后，便可使用注册的用户名和密码登录iProX。

此时网页会提醒你安装或升级IBM Aspera插件，按照网页的提示依次下载安装即可。后面数据上传时会用到此插件。

步骤二：新建项目

登录后，即可进入如下页面。在“Project”下拉菜单“New Project”或“My Space”页面的“New Project+”新建项目。

Tips:上图左侧的Project Tree包含三种类型数据文件①Project是用户自己提交的project和subproject②Groups是用户参加的group中对group成员开放的project和subproject③Public Project是所有对公众开放的project和subproject。您如果将来参与了某个group或者对某个开放的项目感兴趣，可在此处打开查看。

步骤三：填写项目信息

在弹出的新页面中，根据上方导航栏顺序填写项目信息，包含项目标题、关键词、项目描述、作者、通讯作者等。注意：“*”为必填项，其他为选填。Submitter、Lab Head和Publication填写完成后点击“save”，以免后续报错。

该页面中的“Access Level”有三种选择，如下图所示，客户可根据自己的要求选择对应的项目访问权限。信息填写完后点“Continue”保存当前填写信息进入下一步。

Tips:上图中的“Add to Groups”的含义是将项目（包括下面的子项目）共享到选择的群组，选择群组后，即使是“private”的项目和子项目，也对该群组成员公开。

“Add to subprojects”即将项目（包括下面的子项目）添加到选择的超级项目，选择后，项目和子项目的实验元信息可通过超项目进行浏览，但项目和子项目数据的访问权限同“Access Level”中的选择。

步骤四：填写子项目信息

iProX提交系统以项目为数据管理单位的（相当于一次完整的实验研究），一个项目下可以有多个子项目（多次实验结果）。可以认为一个子项目为一个项目下面的一次实验；如果没有重复/对照等不同类型的实验，一个项目下面可以只有一个子项目。

该部分需要填写子项目名称、物种、质谱仪等相关信息。“*”为必填项，其他为选填。子项目中大量实验元信息需要通过标准的控制词汇表进行填写即可，即点击“Choose”，选填控制词汇表（CV）。若项目中的样本涉及多个物种，也可点击“+New”添加。

如果选项里没有您需要的词汇，可在“CV terms Search”里搜索并选择、添加。信息填写完后点“Continue”保存当前填写信息进入下一步。

步骤五：上传数据

iProX提供两种上传原始数据的方法：①通过网页直接上传（Upload by Browse），适合少量并且较小的文件（网页上传文件大小不能超过4Gb）；②通过Aspera插件上传（upload by Aspera），适合大量较大的文件（不受文件大小和数量的限制）。一般推荐使用upload by Aspera。

iProX提供两种数据提交方式：Complete submission（完整提交）和Partial submission（部分提交）。它们分别包含的要提交的数据及对应的格式如下表所示。目前由于利用 PRIDE Converter 2 生成 PRIDE XML 格式文件存在多种困难，所以现在多采用 Partial submission的形式来上传数据。上传数据时系统会根据文件的后缀进行判断，如系统判断错误，您可以手动更改：原始数据的File Type选择Raw，搜库结果选择Search。

设置完成后，点击Strat upload，浏览器会自动启动Aspera，在弹出的对话框中输入您的iProX账号密码即可。上传成功后在Data File会出现你已经上传成功的文件名称，如下图（如果没有可以刷新页面）。信息填写完后点“Continue”保存当前填写信息进入下一步。

步骤六：确认信息

数据提交完成后，勾选刚刚上传数据的项目和子项目，然后点击Submit。接下来就是要等待iProX管理员的审核啦。审核完成后，您注册时登记的那个邮箱会收到一封邮件，如管理员有反馈意见，按照其意见更改或补充再提交即可。审核通过后，就可以获得iProX编号了。

数据上传的工作已经完成啦。是不是很简单呢？

最后的最后，在文章致谢后的"Data Availability"或者其他位置写明数据集的访问信息(URL, project ID)，保密的数据集则需在邮件里告知编审数据访问的账号和密码。

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