做腻了writer，eraser？那让我们来看看reader，YTHDF家族由于在核外参与蛋白翻译和降解，是reader里最明星的研究对象，可m6A reader酶千千万万，您研究的基因除了YTHDF家族外，可能还与其他reader结合。
影响因子：7.8
实验方法：LncRNA 测序，MeRIP-qPCR，RNA Pull Down，RIP，LncRNA定量PCR，mRNA定量PCR
实验材料：CRC临床样本等，结直肠癌细胞系等
CRC组织（癌症1期和癌症3期）与癌旁组织分别进行LncRNA测序（云序可提供此服务），筛选到在癌症1期和3期都差异高表达的LncRNA---RP11。在测序样本和32个临床样本组织中，通过LncRNA 定量PCR证实其在实验组中高表达。已有结肠癌和直肠癌数据库结果也证实这类表达趋势。RP11在多个结直肠癌细胞系中广泛表达，并在CRC患者转移性淋巴结组织原代培养的SW620细胞中高表达。
为进一步阐明RP11在体内和体外的功能机制。作者首先证实RP11过表达细胞系能够显著促进细胞的迁移能力。由于此过程影响了E-Cad，FN和Vim等标志物蛋白的表达量，因此可能与EMT和癌症转移相关。接着，作者在异种移植肿瘤的裸鼠体内高表达RP11基因，发现该基因能够促进肿瘤的增殖。作者在裸鼠体内通过尾部注射方式，导入稳定高表达RP11的癌症细胞，饲养8周后，发现这些细胞转移至小鼠肝脏组织中。
体内：RP11促进癌组织增殖和迁移
已有研究表明，LncRNA能够通过顺势调控机制影响其周围的转录本表达。因此，本研究在LncRNA RP11周围找到了6个转录本，分别为NUDT12, C5orf30, PPIP5K2, GIN1, RP11-6 N13.1和CTD-2374C24。通过mRNA定量PCR证实以上转录本不管是在RP11高表达组以及RP11表达量最高的SW620细胞系中，都未差异表达。所以，RP11的功能机制不是通过顺势调控的模式影响的。
为了证实以上猜想，作者在过表达细胞中通过mRNA定量PCR技术，检测了多个与EMT相关因子的表达量，检测结果显示Zeb1与RP11的表达模式正相关。并且在Zeb1过表达细胞系中，证实能够影响FN和Vim标志物的表达量。因此，RP11的下游可能是Zeb1。
为了验证前面的猜想，作者通过Zeb1 RIP-LncRNA PCR（云序可提供此服务）和RP11 Pull Down-质谱技术（云序可提供此服务），证实Zeb1与RP11在mRNA和蛋白层面都不是直接结合的关系。
同样的，作者推测下游蛋白可能是Siah1和Fbxo45。在mRNA层面，通过RP11 RIP-mRNA PCR，证实两者调控了RP11和Zeb1的表达。在蛋白层面，通过RP11 Pull Down-质谱技术证实三者并非直接结合。
首先，作者怀疑RP11的高表达与DNA甲基化相关，通过DNA甲基化抑制酶处理细胞后，发现RP11表达量不变，证实在CRC细胞中RP11表达量与DNA甲基化无关。同时，实验也证实其与组蛋白乙酰化无关。
通对分析大量不同分期临床样本表达情况表明m6A修饰先调控RP11，RP11在影响Siah1-Fbxo45/Zeb1。借助KM曲线，作者发现高表达RP11直肠癌患者的生存情况并不乐观。同时，也分析了下游基因与病人其他临床指标间的关系。总体而言，证实了m6A/RP11/Zeb1促进了CRC的发生发展过程。
在本研究中，作者首先通过LncRNA高通量测序手段，在CRC疾病组中筛到高表达的LncRNA----RP11，并证实其能够促进肿瘤迁移。
随后，作者旨在研究RP11下游结合蛋白是什么，是如何调控促进迁移表型的。
一方面：借助LncRNA Pull Down，快速锁定与RP11结合的蛋白就是m6A reader hnRNPA2B。通过RIP-PCR，快速找到与该蛋白结合的RNA是RP11。另一方面，借助MeRIP-qPCR，证实在3种疾病相关细胞系中RP11上都存在着m6A 修饰的情况。同时，Mettl3作为其上游促进RP11稳定性，从而促进CRC的发生发展。
云序生物提供比色法检测整体m6A甲基化修饰水平、RNA甲基化测序、MeRIP-qPCR验证、RIP和RNA Pull Down机制研究服务。RNA甲基化测序技术是真正实现m6A，m5C和m1A修饰，检测分子除mRNA外，还能检测环状RNA，LncRNA及其他非编码RNA。2016年至今，样本数量累积超过5000+，MeRIP富集成功率高达98%以上。
现在，为解决客户样本量少的问题，特推出超微量MeRIP测序技术，500ng总RNA既可进行测序实验。特殊样本也可进行RNA甲基化测序，如血清，血浆，外泌体和石蜡样本。
https://molecular-cancer.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12943-019-1014-2
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