中国农业大学植物生理生化国家重点实验室和农业生物技术国家重点实验室的科研人员近日建立起首个全面性的植物microRNA数据库*(Plant miRNA Database,PMRD),http://bioinformatics.cau.edu.cn/PMRD。PMRD收集整合了截至目前报道的所有植物miRNA数据信息,这些信息来源于现有的公共数据库(包括Sanger miRBase,ASRP,CSRDB,Rfam),近期发表的文献,以及创立者实验室的miRNA数据。PMRD涵盖了miRNA序列信息,miRNA二级结构,靶基因,miRNA表达谱以及基因浏览工具。目前,PMRD共收录有来自121个植物物种的8433条miRNA序列,覆盖了众多的模式植物和重要作物,如拟南芥,水稻,小麦,大豆,玉米,高粱,大麦等。对于拟南芥,水稻,杨树,大豆,棉花,苜蓿,以及玉米,PMRD记录了这些物种的miRNA可能的靶基因以及预测的作用位点。独具特色的是,PMRD还提供有miRNA表达谱数据,这包括了创立者实验室水稻氧化应激(Oxidative Stress)相关的微阵列数据(microarray data,LC Sciences miRPlants V10.1)和近期文献报道的杨树,拟南芥,番茄,玉米和水稻的微阵列数据。
PMRD数据库基于开放源代码技术(Open Source Technology)构建,界面友好易用,并且完全免费共享。有理由相信PMRD的建立,将成为microRNA领域科研人员研究miRNA和其靶基因相互作用的有力工具,特别是在模式植物和重要作物的研究中。
联川生物-LC Sciences中国公司,现已提供涵盖PMRD发布的所有植物miRNA序列的microRNA微阵列检测芯片。更多信息请访问www.lc-bio.com。
*Zhang Z, Yu J, Li D, Zhang Z, Liu F, Zhou X, Wang T, Ling Y, Su Z. (2009) PMRD: plant microRNA database . Nucleic Acids Res