利用含轻、中或重型同位素标记的必须氨基酸培养基培养细胞来标记细胞内新和成的蛋白质，一般培养5-6代，细胞中的蛋白质将被同位素标记。
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保持细胞的完整性, 防止胞内代谢物的泄漏, 以正确反映微生物细胞的生理状态, 是微生物代谢组学研究的关键。
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使用CE (毛细管电泳仪) 对还原与非还原样品进行CE-SDS纯度分析，而后对主峰纯度进行积分。样品平行3针，当主峰纯度RSD≤5%时，报告平均值。
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使用CE (毛细管电泳仪) 对样品与已知等电点多肽混合物进行等电聚焦电泳，依据样品与参照肽段的相对迁移时间计算样品的等电点。
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对特定条件下或某一时刻细胞内代谢物进行的分析, 因细胞内酶系活跃、代谢转换迅速, 取样和样品制备方法显著影响分析结果的准确性、重复性。
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该技术采用2种、6种或10种同位素的标签，特异性标记多肽的氨基基团，经过串联质谱LC-MS/MS分析，可同时比较2组，6组或最多10组不同样品中蛋白质的相对含量。
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对样品进行cIEF等点聚焦，而后对主峰纯度进行积分，得出样品电荷异质体纯度。样品平行3针，每针积分得出主峰纯度值，当RSD≤5%时，报告平均值。
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