引言：为何越来越多科研人员选择LFQ？

在蛋白组学研究中，“定量”不仅是对蛋白存在与否的判断，更是对其在不同生理或病理状态下表达变化的精准刻画。传统的同位素标记方法如TMT、iTRAQ虽然灵敏度高，但成本较高、流程复杂。无标记定量技术（Label-Free Quantification, LFQ）以其样品处理简便、适合大规模分析、可自由组合样本等优势，逐渐成为蛋白质组定量研究的主流。

一、LFQ的基本原理：利用质谱信号强度或谱图数量定量

LFQ依赖高分辨率质谱（如Orbitrap）对样品进行数据采集，无需化学或代谢标记，即可通过以下两种策略进行蛋白定量：

1、MS1信号强度（Intensity-Based Quantification）

每个肽段在一级质谱（MS1）中具有特定的峰面积或离子强度，可以反映其相对丰度。

2、谱图计数法（Spectral Counting）

通过统计肽段在MS2中被识别的次数（PSM数量）作为丰度的替代指标，适用于高丰度蛋白的定量比较。

百泰派克生物科技基于MaxQuant + Perseus等主流平台，整合信号强度与谱图计数两类策略，为客户提供高重复性、低噪声的无标记定量技术LFQ数据。

二、LFQ的技术流程全解析

为了获得可靠的定量结果，LFQ通常包括以下关键步骤：

1、样本制备

（1）统一蛋白浓度

（2）胰蛋白酶酶解成多肽

（3）反应终止后纯化上机

2、LC-MS/MS分析

（1）采用高分辨率液相色谱-串联质谱平台（如Q Exactive系列）

（2）保证每个样品独立上机，避免交叉污染

3、数据处理

（1）使用MaxQuant或Proteome Discoverer等软件提取肽段强度

（2）去除缺失值、标准化处理

（3）统计显著差异蛋白

三、无标记定量技术的优势与局限

1、优势

2、局限

（1）样本间批次差异较大时，可能出现技术偏倚

（2）对质谱设备稳定性和操作一致性要求高

（3）缺失值处理对统计学方法依赖性强

百泰派克在LFQ服务中设置质控样 + 仿真调控样本，显著提升跨批次稳定性与差异蛋白检出率。

四、LFQ的经典应用场景

1、疾病机制研究

LFQ可揭示疾病组织与正常组织在蛋白质表达层面的差异，辅助构建调控通路网络。

2、药物作用机制探索

通过比较药物处理前后蛋白组变化，评估靶点表达及下游信号影响。

3、环境应激与毒理响应分析

用于研究细胞或微生物在高温、重金属、氧化应激等条件下的蛋白响应模式。

4、外泌体蛋白组定量

结合高灵敏度质谱，LFQ成为外泌体功能蛋白谱构建的重要工具。

五、最新进展：LFQ正在迈向更高精度与更强适应性

1、DIA（Data-Independent Acquisition）+ LFQ

通过全扫描方式获取MS/MS数据，结合Spectronaut、DIA-NN等算法，实现更高数据完整性和定量一致性。

2、AI算法优化定量流程

基于机器学习的缺失值补全、差异蛋白筛选、功能预测技术正在加速LFQ数据从“结果”到“发现”的转化。

3、多组学联合分析趋势

LFQ蛋白组数据正越来越多与转录组、代谢组、磷酸化组等多组学数据融合使用，提升机制解析的系统性。

百泰派克生物科技：一站式无标记定量蛋白服务平台

作为生命科学CRO服务提供商，百泰派克生物科技深耕蛋白组学领域十余年，构建了完善的LFQ服务体系，服务特色：

• 高通量Orbitrap平台，适配LFQ/DIA全策略
• 提供蛋白提取、质谱上机、数据分析一体化方案
• 融合生物通路富集、PPI分析、GO/KEGG注释等专业生信服务 可配套多组学联合方案（如LFQ+转录组），推动科研从“变化”走向“机制”

无标记定量技术作为一种兼具成本效率与研究深度的策略，已成为现代蛋白质组学中不可或缺的工具。未来，随着仪器性能、算法水平与数据库质量的持续提升，LFQ将迈入更智能、更系统、更精准的时代。如果您正在开展蛋白表达、疾病机制、药物筛选等相关研究，欢迎联系我们获取LFQ个性化服务方案！百泰派克生物科技助您高效获取可靠数据，推动成果落地！

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

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