肽谱图（PMF）、肽指纹图谱、蛋白结构分析、二硫键、糖基化、磷酸化
肽图谱可以：1）证实一种蛋白质一级结构（氨基酸序列）包括其 N和C端，2）提供蛋白质修饰基团的位点和所占比例，如糖基化，乙酰化，硫酸盐化和磷酸化等。
SWATH蛋白定量（蛋白质组）
SWATH（Sequential Window Acquisition of all Theoretical fragmentions）定量技术
电荷异质体纯度CIEF分析
对样品进行cIEF等点聚焦，而后对主峰纯度进行积分，得出样品电荷异质体纯度。样品平行3针，每针积分得出主峰纯度值，当RSD≤5%时，报告平均值。
蛋白质组 TMT标记
该技术采用2种、6种或10种同位素的标签，特异性标记多肽的氨基基团，经过串联质谱LC-MS/MS分析，可同时比较2组，6组或最多10组不同样品中蛋白质的相对含量。
微生物代谢组学检测分析
保持细胞的完整性, 防止胞内代谢物的泄漏, 以正确反映微生物细胞的生理状态, 是微生物代谢组学研究的关键。