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《Nature Genetic》揭示人群间新突变产生速度和模式的差异

作者:毅新兴业(北京)科技有限公司 2011-06-21T00:00 (访问量:4959)

Nature Genetic揭示人群间新突变产生速度和模式的差异

 

2011612,毅新兴业公司技术总监、英国Sanger中心学者张玉军博士作为共同作者在Nature Genetic》上发表了使用高通量测序进行进化基因组学研究的最新成果。

文章报道了不同人类家庭间存在基因突变模式差异的现象。该研究发现,平均每人从双亲遗传获得大约60种新的突变,这远远超出了之前科学家的预测,引起生物学界的极大轰动。


    研究人员借助最新技术手段和分析算法,利用来自两个家庭的全基因组测序数据,首次回答了以下问题:一个新生儿有多少新的单碱基突变,大多数突变来源于父系染色体还是母系染色体?

文章通过高通量测序直接比较两个家庭中男性和女性的生殖细胞系(Germline)突变率,筛选出数千个潜在突变后再经大规模验证,确认了欧洲家庭中具有49个新突变(DNMs),而非洲家庭中有35。该研究同时鉴定出了1568个非生殖细胞突变。更重要的是,研究发现一个家庭的子代中92%的生殖细胞系DNMs来自父亲。而另一个家庭则截然不同,64%DNMs来自母亲,仅36%来自父亲。

早在1947年,现代群体遗传学创始人之一的JBSHaldane就提出了男性生殖细胞系比女性生殖细胞系更容易发生突变的预测:精子所需的细胞分裂次数要比卵子多很多,由此导致了更高的精子突变频率。这意味着这项最新研究推翻了这个著名的观点。

著名的ScienceNews网站是这样评论的:对于《X战警》的粉丝来说,这也许是个坏消息,因为需要比预计更长的时间产生一个全新的突变超人对人类突变率的直接测定表明代代相传的单个碱基突变累计速率要远远小于之前的预测。

“我们都是变种人”,参与该项工作的Philip Awadalla教授如是说,“而且人与人之间的突变率存在显著差异”。

对于人与人之间存在突变率差异的原因还不是很清楚。基因本身的因素可能使得某些人更加易于发生突变,同时环境和父母的年龄也有可能影响子代的突变率。该研究小组将继续对这一领域深入研究。

Nature Genetics》是具有很高影响力的权威学术期刊,2009年影响因子为 34.284

全文链接Variation in genome-wide mutation rates within and between human families, Nature Genetics (2011) doi:10.1038/ng.862

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文章摘要:J.B.S.Haldaneproposedin1947thatthemalegermlinemaybemoremutagenicthanthefemalegermline.Diversestudies havesupportedHaldane’scontentionofahigheraveragemutationrateinthemalegermlineinavarietyofmammals,includinghumans2,3.Herewepresent,toourknowledge,thefirstdirectcomparativeanalysisofmaleandfemalegermlinemutationratesfromthecompletegenomesequencesoftwoparent-offspringtrios.Throughextensivevalidation,weidentified49and35germlinede novomutations(DNMs)intwotriooffspring,aswellas,586non-germlineDNMsarising eithersomaticallyorinthecelllinesfromwhichtheDNAwas derived.Moststrikingly,inonefamily,weobservedthat92%ofgermline

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